Эндоскопия исторически развивалась на стыке двух дициплин: отоларингологии и пульмонологии. Поэтому логично, что история эндоскопического отделения в институте началась с ЛОР-кабинета в послевоенные годы. Организатором и многолетним руководителем кабинета была Ребане Лидия Евгеньевна, к.м.н. с 1963г, диссертация на тему «Бронхоскопия, как диагностический и терапевтический метод в условиях хирургического лечения больных туберкулезом легких». Бронхоскопии, в тот период, выполнялись через ригидный бронхоскоп, в том числе и под местной анестезией. В качестве ученика и преемника Ребане Л.Е. на протяжении 30 лет, сначала рядовым врачом, а затем и руководителем эндоскопического кабинета, а впоследствии и отделения был Судомоин Дмитрий Сергеевич. Его приход совпал с внедрением в практику в институте фиброэндоскопов. В начале 80-х в институт пришла Селизарова Елена Михайловна, тогда же возникла потребность в эзофагогастродуоденоскопических исследованиях. В начале XXI века отделение вошло в состав эндоскопической лаборатории, которую возглавила Табанакова Ирина Андреевна, к.м.н. с 2003г. Диссертация «Бронхологические методы в интенсивной терапии больных с заболеваниями легких, осложненными дыхательной недостаточностью». В настоящее время сотрудники отделения владеют широким спектром новейших методик интервенционной пульмонологии.
Отделение выполняет весь спектр эндоскопических исследований, как в условиях стационара, так и амбулаторно. Оказывается выездная консультативная и лечебная помощь стационарам города и курируемых территорий.
Особое внимание уделяется диагностике и дифференциальной диагностике заболеваний органов дыхания с применением как рутинных методов исследования, так и новейшей эндоскопической техники. Выполняются аутофлюоресцентная бронхоскопия, трансбронхиальная биопсия под контролем ультразвукового исследования, прижизненная конфокальная эндомикроскопия ткани легкого.